Назад
Исследователи Медицинского колледжа Бейлора показали, что протеомный анализ данных агрессивного рака человека, является полезным подходом для определения потенциальных новых терапевтических целей.
Они сообщают в журнале Oncogene об идентификации "протеомных сигнатур", которые ассоциируются с клиническими показателями агрессивных форм каждого из семи исследованных типов рака. Некоторые сигнатуры были характерны для различных типов рака и определяли клеточные механизмы нарушений метаболизма. Важно отметить, что экспериментальные результаты предоставили доказательства того, что протеомный подход к анализу является ценной стратегией для выявления потенциальных терапевтических целей.
"Есть два примечательных аспекта этой работы. Один из них заключается в том, что мы исследовали протеомный ландшафт рака в поисках белков, которые были бы экспрессированы в ассоциации с агрессивными формами рака", - говорит автор-корреспондент Чад Крейтон. "Мы проанализировали белковые данные, которые включали десятки тысяч белков из около 800 опухолей, в том числе из семи различных типов рака - молочной железы, толстой кишки, легких, почек, яичников, матки и детской глиомы, предоставленные Консорциумом клинического протеомного анализа опухолей (CPTAC) на основе масс-спектрометрических протеомных баз данных".
Компьютерный анализ выявил протеомные сигнатуры, связанные с агрессивными формами рака. Эти сигнатуры указывали на измененные клеточные механизмы, которые могут управлять агрессивным поведением рака и могут представлять новые терапевтические мишени. Каждый тип рака показал характерную протеомную сигнатуру для своей агрессивной формы. Интересно, что некоторые сигнатуры были общими для различных типов рака.
Другой аспект этого исследования должен был обеспечить доказательство концепции, что протеомный анализ был полезной стратегией для того чтобы идентифицировать драйверов агрессивных форм которыми потенциально можно манипулирована для того чтобы контролировать рост рака.
"Это именно то, что мы смогли сделать с этим новым, очень мощным набором данных", - сказала соавтор работы Диана Монсиваис. "Мы сосредоточились на данных по раку матки, для которых компьютерный анализ выявил изменения в ряде белков, которые были связаны с агрессивной формой. Мы отобрали белковые киназы, ферменты, которые представляют наиболее сильных кандидатов для терапии".
Из сотен первоначальных кандидатов исследователи отобрали четыре киназы для функциональных исследований в клеточных линиях рака матки. Они обнаружили, что киназы не только экспрессируются в клеточных линиях, но и манипулируют экспрессией, что снижает жизнеспособность или способность к миграции для некоторых клеток рака матки. Миграция является свойством раковых клеток, которое позволяет им распространяться на другие ткани.
"Наши эксперименты стали доказательством того, что протеомный анализ является полезной стратегией не только для лучшего понимания того, что движет раком, но и для определения новых способов борьбы с ним", - отметила Монсиваис.
"Исторически сложилось так, что исследователи генерировали только транскриптомные данные (РНК-мессенджер (mRNA). Изучение данных по белкам, позволяет исследователям изучать новый пласт информации в этих раковых опухолях", - сказал Крейтон.
"В этом исследовании мы сравнили мРНК и белковые сигнатуры и, хотя во многих случаях они перекрывались, около половины белков в протеомных сигнатурах не были включены в соответствующую сигнатуру мРНК, что указывает на необходимость включения как мРНК, так и белковых данных в исследования рака".
Еще статья о комбинировании протеомного и геномного подхода в диагностике рака.
