Назад
Исследователи разработали новый протокол для мониторинга острого лимфобластного лейкоза (ОЛЛ), наиболее распространенного рака у детей, с целью разработки более эффективных стратегий лечения и выявления рецидивов заболевания.
Персонализированная медиаторная зондовая ПЦР (mediator probe - MP ПЦР) использует несколько геномных маркеров раковых клеток в одном анализе и является более простой, чем существующие методы. Метод позволяет улучшить мониторинг эволюции клональных опухолей, чтобы быстрее обнаружить рецидив и избежать ложноотрицательных результатов. Их протокол подробно описан в The Journal of Molecular Diagnostics.
За последние несколько десятилетий выживаемость детей с ОЛЛ впечатляюще выросла и составляет более 80%. Однако прогноз для детей, у которых рак рецидивирует, остается неблагоприятным. Поэтому мониторинг минимальной остаточной болезни (MRD) является важным прогностическим фактором для определения ответа на лечение и стратификации пациентов. При мониторинге MRD используется высокочувствительная ПЦР в реальном времени для измерения количества раковых клеток среди нормальных клеток.
"Маркеры MRD могут исчезать во время лечения, что может привести к ложноотрицательным результатам и неправильному принятию решений при персонализированной терапии", - объясняет руководитель исследования Корнелия Эккерт. Следовательно, рекомендуется отслеживать как минимум два независимых маркера на каждого пациента. Эккерт продолжает: "Текущий золотой стандарт EuroMRD предусматривает амплификацию с помощью одноплексной количественной ПЦР в реальном времени, что делает тестирование дополнительных маркеров более трудоемким и дорогостоящим. Это также приводит к большему расходу материала пациента".
Чтобы преодолеть эти ограничения, Эккерт и соавторы создали персонализированную MP ПЦР, итеративный рабочий процесс и руководство по постановке мультиплексной ПЦР в реальном времени для одновременного мониторинга до четырех маркеров MRD для ОЛЛ в одном анализе. При тестировании на ДНК в образцах костного мозга пациентов с ОЛЛ MP ПЦР соответствовала рекомендациям золотого стандарта EuroMRD и уровню чувствительности для принятия клинических решений.
Соавтор работы Михаэль Ленерт отмечает: "Мультиплексирование может значительно улучшить персонализированный мониторинг MRD пациентов, поскольку одновременно можно анализировать большее количество маркеров MRD для каждого пациента. Даже если эти специфические для пациента сиквенсы раковых клеток отличаются лишь несколькими нуклеотидами ДНК от здоровых клеток, наш мультиплексный анализ все равно может различать эти сиквенсы ДНК. Поэтому в анализ можно включить более широкий спектр сиквенсов, специфичных для пациента".
Рекомендации MRD-MP просты и могут позволить стандартизировать анализ в разных лабораториях. Чтобы продемонстрировать потенциальный перенос дуплексного метода MP ПЦР в рутинную диагностическую среду, новый анализ был применен в проспективном обследовании пациентов в сравнении с золотым стандартом одноплексного теста. Оба метода соответствовали рекомендациям EuroMRD и привели к схожему количественному диапазону и чувствительности.
Чтобы справиться с проблемами, присущими мультиплексной ПЦР, исследователи разработали эффективный итеративный рабочий процесс для проектирования и оптимизации ПЦР. Титрование праймеров ДНК проводится только в том случае, если производительность анализа на первом этапе недостаточна, что позволяет свести количество итераций к минимуму. "Существует огромное разнообразие последовательностей ДНК-маркеров, уникальных для каждой лейкемии", - добавляет первый автор Елена Кипф.
"Рабочий процесс MRD-мультиплекс обеспечивает систематический и надежный способ эффективного проектирования и оптимизации MRD-MP ПЦР и помогает стандартизации персональной диагностики".
Хотя их работа демонстрирует, что мультиплексная MP ПЦР имеет потенциал для установления нового стандарта в персонализированном мониторинге MRD, исследователи отмечают, что она должна быть клинически валидирована в репрезентативной когорте пациентов с ОЛЛ. "Рак - это смертельное заболевание, от которого не каждый пациент может излечиться", - подчеркивает Эккерт. "После успешной клинической проверки пациенты смогут воспользоваться преимуществами расширенного мониторинга MRD, что приведет к более точному прогнозированию ответа на терапию и улучшению стратификации пациентов и результатов лечения".
Elena Kipf et al. Расширенный мониторинг минимальной остаточной болезни при остром лимфобластном лейкозе с помощью мультиплексной ПЦР с медиаторными зондами (аннотация).
Острый лимфобластный лейкоз (ОЛЛ) является наиболее частой злокачественной опухолью в детском возрасте. Мониторинг минимальной остаточной болезни (MRD) является важным прогностическим фактором для ответа на лечение ОЛЛ и стратификации пациентов. Мониторинг MRD использует персонализированную ПЦР в реальном времени для измерения количества раковых клеток среди нормальных клеток. Из-за клональной эволюции опухоли или процессов вторичной перестройки маркеры MRD могут исчезать во время лечения, что приводит к ложноотрицательным результатам MRD и неправильному принятию решений при персонализированном лечении. Поэтому необходим мониторинг нескольких маркеров MRD для каждого пациента. Авторы впервые представляют персонализированную мультиплексную медиаторную зондовую ПЦР (MP ПЦР) для мониторинга MRD при ОЛЛ. Эти анализы позволяют точно количественно определить большее число маркеров MRD в меньшем количестве образца.
Таким образом, эволюция клональных опухолей будет меньше влиять на клинические результаты. Были разработаны персонализированные дуплексные MP ПЦР анализы для различных геномных маркеров MRD, включая перестройки генов иммуноглобулинов/T-клеточных рецепторов, слияния генов и делеции генов. Один дуплексный анализ был успешно применен в проспективном случае пациента и сравнен с гидролизными зондами. Более того, авторы увеличили уровень мультиплекса с дуплексного до 4-плексного и все еще соответствовали требованиям EuroMRD для надежного количественного определения. Кроме того, разработанные авторами рекомендации по дизайну MRD-MP и мультиплексный рабочий процесс облегчают и ускоряют разработку MP ПЦР анализа. Это способствует стандартизации персональной диагностики.
