АКТУАЛЬНЫЕ НОВОСТИ И СОБЫТИЯ КЛИНИЧЕСКОЙ ЛАБОРАТОРНОЙ ДИАГНОСТИКИ
Поиск
  1. Разработка стратегии быстрой геномики для отслеживания коронавируса

Разработка стратегии быстрой геномики для отслеживания коронавируса

backimgnext

Благодаря новейшей технологии нанопорового секвенирования генома ученые Гарванского института медицинских исследований и Института Кирби в Сиднее разработали самую быструю стратегию секвенирования геномов коронавирусов на сегодняшний день. 

   Технологический прогресс способен дать критическую важную и своевременную информацию о том, как связаны между собой случаи заболевания SARS-CoV-2. Исследователи опубликовали руководство по этой передовой практике секвенирования SARS-CoV-2 в Nature Communications, которое, как они надеются, позволит более широко использовать технологию быстрого секвенирования для инициатив в области здравоохранения.

   "Каждый раз, когда вирус SARS-CoV-2 передаётся от человека к человеку, он может копировать ошибки, которые меняют пару его 30 000 генетических букв". Идентифицируя эту генетическую вариацию, мы можем установить, как связаны между собой различные случаи заболевания - узнать, откуда потенциально взялся этот конкретный кейс и кому он мог быть передан", - говорит первый автор Роуэна Булл. Булл добавляет, что геномные испытания имеют решающее значение для отслеживания передачи вируса в тех случаях, когда источник остается неясным при расследовании известных эпидемиологических контактов. "Реконструируя историю эволюции вируса, его "семейное древо", мы сможем понять поведение, способствующее распространению КОВИД-19 и выявить так называемых  "супер-распространителей"", - говорит она.

   "Когда выявляется новый "загадочный" случай коронавируса, каждая минута на счету". Мы улучшили наши возможности геномного секвенирования, чтобы обеспечить быстрый анализ генома коронавируса всего за несколько часов", - говорит старший автор, Айра Девесон. Быстрое секвенирование генома SARS-CoV-2 повышает способность отслеживания контактов и позволяет принимать быстрые меры по карантину и мониторингу контактов. 

   Современный золотой стандарт секвенирования читает короткие генетические последовательности всего по 100-150 букв одновременно, тогда как нанопоровые технологии не имеют верхнего предела длины фрагментов ДНК и способны быстрее определить полную последовательность вирусного генома. "Однако, как и в случае со многими новыми технологиями, высказывались опасения по поводу точности этого секвенирования. Мы рассмотрели эти опасения в нашей работе и мы сообщаем о результатах тщательной аналитической оценки наших протоколов для секвенирования генома коронавирусов", - говорит Девесон.
Анализ, проведенный исследователями, выявил высокую точность метода нанопорового секвенирования (варианты были обнаружены с >99% чувствительностью и >99% точностью в 157 SARS-CoV-2-положительных образцах от пациентов) и предоставил рекомендации, которые, как надеются исследователи, будут способствовать внедрению этой технологии другими исследователями во всем мире.

   Специалисты говорят, что нанопоровое секвенирование может улучшить наблюдение за атипичной пневмонией (SARS-CoV-2), обеспечивая возможность секвенирования в точках наблюдения и оптимизировать деятельность в критических случаях. "Устройства Nanopore дешевле, быстрее, портативнее и не требуют лабораторной инфраструктуры, необходимой для современных стандартных инструментов геномики патогенных микроорганизмов", - говорит Девезон. Мы надеемся, что наша валидация этого протокола поможет другим специалистам общественного здравоохранения по всему миру перенимать эту технологию".

Оригинальная статья: https://www.nature.com/article...

Источник:ScienceDaily, December 10, 2020
Обсудить с другими читателями:
Вам также может быть интересно