Назад
Благодаря новейшей технологии нанопорового секвенирования генома ученые Гарванского института медицинских исследований и Института Кирби в Сиднее разработали самую быструю стратегию секвенирования геномов коронавирусов на сегодняшний день.
Технологический прогресс способен дать критическую важную и своевременную информацию о том, как связаны между собой случаи заболевания SARS-CoV-2. Исследователи опубликовали руководство по этой передовой практике секвенирования SARS-CoV-2 в Nature Communications, которое, как они надеются, позволит более широко использовать технологию быстрого секвенирования для инициатив в области здравоохранения.
"Каждый раз, когда вирус SARS-CoV-2 передаётся от человека к человеку, он может копировать ошибки, которые меняют пару его 30 000 генетических букв". Идентифицируя эту генетическую вариацию, мы можем установить, как связаны между собой различные случаи заболевания - узнать, откуда потенциально взялся этот конкретный кейс и кому он мог быть передан", - говорит первый автор Роуэна Булл. Булл добавляет, что геномные испытания имеют решающее значение для отслеживания передачи вируса в тех случаях, когда источник остается неясным при расследовании известных эпидемиологических контактов. "Реконструируя историю эволюции вируса, его "семейное древо", мы сможем понять поведение, способствующее распространению КОВИД-19 и выявить так называемых "супер-распространителей"", - говорит она.
"Когда выявляется новый "загадочный" случай коронавируса, каждая минута на счету". Мы улучшили наши возможности геномного секвенирования, чтобы обеспечить быстрый анализ генома коронавируса всего за несколько часов", - говорит старший автор, Айра Девесон. Быстрое секвенирование генома SARS-CoV-2 повышает способность отслеживания контактов и позволяет принимать быстрые меры по карантину и мониторингу контактов.
Современный золотой стандарт секвенирования читает короткие генетические последовательности всего по 100-150 букв одновременно, тогда как нанопоровые технологии не имеют верхнего предела длины фрагментов ДНК и способны быстрее определить полную последовательность вирусного генома. "Однако, как и в случае со многими новыми технологиями, высказывались опасения по поводу точности этого секвенирования. Мы рассмотрели эти опасения в нашей работе и мы сообщаем о результатах тщательной аналитической оценки наших протоколов для секвенирования генома коронавирусов", - говорит Девесон.
Анализ, проведенный исследователями, выявил высокую точность метода нанопорового секвенирования (варианты были обнаружены с >99% чувствительностью и >99% точностью в 157 SARS-CoV-2-положительных образцах от пациентов) и предоставил рекомендации, которые, как надеются исследователи, будут способствовать внедрению этой технологии другими исследователями во всем мире.
Специалисты говорят, что нанопоровое секвенирование может улучшить наблюдение за атипичной пневмонией (SARS-CoV-2), обеспечивая возможность секвенирования в точках наблюдения и оптимизировать деятельность в критических случаях. "Устройства Nanopore дешевле, быстрее, портативнее и не требуют лабораторной инфраструктуры, необходимой для современных стандартных инструментов геномики патогенных микроорганизмов", - говорит Девезон. Мы надеемся, что наша валидация этого протокола поможет другим специалистам общественного здравоохранения по всему миру перенимать эту технологию".
Оригинальная статья: https://www.nature.com/article...
