Назад
Исследователи разработали новый интегрированный генетический/эпигенетический протокол секвенирования ДНК, известный как MultiMMR.
Протокол может определить наличие и причину репарации ошибочно спаренных нуклеотидов (MMR) в одном тесте ДНК из образцов толстой кишки, эндометрия и при других видах рака. Эта альтернатива сложному многоэтапному тестированию может также определить причины дефицита MMR, который часто пропускается текущими клиническими исследованиями. Результаты представлены в Journal of Molecular Diagnostics.
MMR гены отслеживают и исправляют ошибки, которые могут возникать при нормальной репликации и рекомбинации клеток. При некоторых унаследованных и приобретенных видах рака один или несколько MMR-генов деактивируются. "Влияние MultiMMR является широким. Опухоли с дефицитом MMR хорошо реагируют на новые методы иммунотерапии рака", - объясняет ведущий исследователь Тревор Дж. Пью.
"Определение того, имеет ли человек унаследованную форму дефицита MMR, также может позволить клиницистам ввести пациентов в активное наблюдение, принять участие в стратегиях снижения риска и обеспечить генетическое тестирование родственников, что потенциально может улучшить результаты лечения пациента".
Стандартное клиническое тестирование дефицита MMR может быть противоречивым, требующим проведения множества тестов и видов экспертизы, что приводит к неоптимальному уходу за пациентами. Секвенирование следующего поколения приобрело популярность и используются в клинических лабораториях. Тем не менее, оно не идентифицирует все генетические вариации на предмет дефицита MMR, и часто возникает необходимость в дополнительном тестировании. MultiMMR одновременно проверяет промоторное метилирование, мутации, нейтральную потерю гетерозиготности и микросателлитную нестабильность в связи с небольшим количеством ДНК.
В данном исследовании секвенировали ДНК из 142 образцов (82 нормальных и 60 опухолевых) у 82 пациентов с ММR-ассоциированными раком толстой кишки, эндометрия и головного мозга. В качестве положительного контроля результаты для 45 пациентов были сопоставлены с предыдущими клиническими испытаниями с использованием обычных методов анализа. Исследователи также использовали MultiMMR для профилирования коммерчески доступного ДНК-контроля, который включает 11 вариантов, которые сложно обнаружить с помощью секвенирования следующего поколения.
Для выявления дефицита MMR, MultiMMR промоторное метилирование и анализ микросателлитной нестабильности показали 95% и 97% совпадение с клиническим тестированием, соответственно. При выявлении вариантов, ответственных за дефицит MMR, MultiMMR соответствовал результатам клинического тестирования в 23 из 24 случаев. Тест выявил все 11 мутаций в синтетической смеси в многократных секвенированиях и выявил репарацию ошибочно спаренных нуклеотидов у 29 пациентов. Панель смогла определить причины MMR, часто пропускаемые текущим клиническим процессом.
"Мы показали, что наличие и причину MMR можно определить в одном тесте, из одной аликвоты ДНК, тем самым оптимально используя доступные образцы тканей и оптимизируя рабочие процессы", - комментирует ведущий автор Лесли Олдфилд.
Исследователи отмечают, что существующие протоколы тестирования могут не удовлетворить возросший спрос на универсальное тестирование опухолей у пациентов с раком толстой кишки и эндометрия. Многие тесты секвенирования следующего поколения не проводят скрининга на микросателлитную нестабильность и промоторное метилирование, наряду с соматическими мутациями.
"Возможность проведения иммунотерапии часто зависит от статуса MMR, поэтому своевременное и надежное тестирование очень важно", - добавляет Олдфилд. "MultiMMR ускоряет процесс и различает тип дефицита MMR с оптимизированным временем выполнения, может хорошо масштабироваться с растущими требованиями и предоставить клиницистам важные данные для информирования пациента об управлении и принятии решений о лечении".
